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中华肺部疾病杂志(电子版) ›› 2024, Vol. 17 ›› Issue (04) : 625 -629. doi: 10.3877/cma.j.issn.1674-6902.2024.04.024

临床研究

联合宏基因组二代测序诊断普雷沃氏菌致肺脓肿1例并文献复习
林英1, 何洪1, 杨琦1, 姚兴伟1, 马婧涵1, 杨玉婷1, 刘月红1, 贾悦1, 李长安2,()   
  1. 1. 100700 北京,北京中医药大学东直门医院检验科
    2. 100700 北京,北京中医药大学东直门医院呼吸科
  • 收稿日期:2024-03-23 出版日期:2024-08-25
  • 通信作者: 李长安
  • 基金资助:
    国家自然科学基金资助项目(81973784)

Combined with metagenomic second­generation sequencing to diagnose pulmonary abscess caused by Prevoella in 1 case and the literature review

Ying Lin, Hong He, Qi Yang   

  • Received:2024-03-23 Published:2024-08-25
引用本文:

林英, 何洪, 杨琦, 姚兴伟, 马婧涵, 杨玉婷, 刘月红, 贾悦, 李长安. 联合宏基因组二代测序诊断普雷沃氏菌致肺脓肿1例并文献复习[J]. 中华肺部疾病杂志(电子版), 2024, 17(04): 625-629.

Ying Lin, Hong He, Qi Yang. Combined with metagenomic second­generation sequencing to diagnose pulmonary abscess caused by Prevoella in 1 case and the literature review[J]. Chinese Journal of Lung Diseases(Electronic Edition), 2024, 17(04): 625-629.

目的

分析普雷沃菌(Prevotella)致肺脓肿鉴定诊断和治疗思路。

方法

选择我院收治的1例肺脓肿患者,经厌氧培养,采用全自动微生物质谱检测系统Autof ms1000 、16S核糖体DNA (ribosomal DNA, rDNA)基因序列分析、胸腔脓液、宏基因二代测序(metagenomic nextgeneration sequencing, mNGS)明确病原菌,进行文献复习。

结果

采用全自动微生物质谱检测系统Autof ms1000鉴定菌株为普雷沃菌,16S rDNA基因序列分析显示解肝素普雷沃菌(NR044633.1) 98.517%, mNGS明确病原菌为普雷沃氏菌属26%,梭杆菌属13%,棒杆菌属7%。予哌拉西林钠舒巴坦钠3 g联合奥硝唑0.5 g/d二次静点抗感染,症状明显好转,无发热,无咳嗽咳痰,复查胸部CT右下肺高密度影基本吸收。

结论

普雷沃菌是一种条件致病厌氧菌,多发生在机会性感染,易误诊漏诊,建议尽早进行mNGS明确病原体。经典微生物培养联合宏基因二代测序技术可提高肺部感染性疾病的病原微生物检出率,为精准抗菌治疗提供临床依据。

图1 入院第1日胸部CT俯卧位(2023年8月10日)。注:A-C:肺窗;D-F:纵隔窗
图2 入院第8日胸部CT仰卧位(2023年8月22日)右下肺高密度影较前明显减小。注:A-C:肺窗;D-F:纵隔窗
图3 出院后复查胸部CT仰卧位(2023年9月25日)右下肺高密度影基本吸收。注:A-C:肺窗;D-F:纵隔窗
1
A. K W, Olusola O, Timothy B, et al. Genomic diversity and antimicrobial resistance of Prevotella species isolated from chronic lung disease airways[J]. Microbial Genomics, 2022, 8(2): 000754.
2
邵小华,陈梅远. 二路普雷沃菌引起尿路感染1例[J]. 安徽医学2008(1): 39.
3
Li C, Lv C, Yu M, et al. A case report of a brain abscess due to prevotella oris and a review of the literature[J]. BMC Infect Dis, 2023, 23(1): 633.
4
王 翀,杨 义,李代君,等. 中间普雷沃菌引起脊柱感染误诊分析及文献综述[J]. 中国感染控制杂志2024, 23(1): 86-94.
5
曾桂星,蔡兴东,刘升明. 宏基因二代测序鉴定普雷沃菌肺部感染一例[J]. 海南医学2021, 32(2): 267-268.
6
艾志波,刘汉臣,杜 军. 宏基因二代测序诊断中间普雷沃菌致肺脓肿1例[J]. 大连医科大学学报2023, 45(4): 372-375.
7
李 慧,刘明涛,李 珊. 罕见厌氧菌感染致肺脓肿2例并文献复习[J]. 中国医药科大学2022, 12(2): 189-192.
8
Marcos Sánchez F, Albo Castaño I, Arbol Linde F, et al. Lung abscess caused by Prevotella oralis and Prevotella ruminicola in a HIV-positive patient[J]. Anales de Medicina Interna (Madrid, Spain:1984), 2003, 20(3): 164-165.
9
Ilaria Onorati, Patrice Guiraudet, Typhaine BillardPomares, et al. A recurrent lung abscess caused by delayed diagnosis of unique co-infection with Abiotrophia defectiva.[J]. Interactive Cardiovascular Thoracic Surgery, 2020, 31(6): 909-911.
10
Asif AA, Roy M, Ahmad S. Rare case of Prevotella pleuritidis lung abscess[J]. BMJ Case Rep, 2020, 13(9): e235960.
11
范玉燕. 二代基因测序在重症肺炎诊治中的应用[D]. 宁夏医科大学,2023.DOI:10.27258/d.cnki.gnxyc.2023.000179.
12
Sabbula BR, Rammohan G, Akella J. Lung Abscess[M]. TreasureIsland:Stat Pearls Publishing, 2021: 32310380.
13
Shah HN, Collins DM. Prevotella, a new genus to include Bac-teroides melaninogenicus and related species formerly classified in the genus Bacteroides[J]. Int J Syst Bacteriol, 1990, 40(2): 205-208.
14
Ulger TN, Veloo A, Urbane, et al. A multicenter survey of antimicrobial susceptibility of Prevotella species as determined by E-test methodology[J]. Anaerobe, 2018(52): 9-15.
15
Rémi D, Lize K. A challenging case of thoracic empyema caused by Prevotella spp[J]. Respiratory Medicine Case Reports, 2022, 35: 101567.
16
周 祎,王权鹏,范国峰. 普雷沃菌血流感染:一项为期10年的单中心回顾性研究[J]. 中国感染控制杂志2024, 23(3): 305-309.
17
Gu W, Miller S, Chiu CY. Clinical metagenomic next-generationsequencing for pathogen detection[J]. Annu Rev Pathol, 2019, 14: 319-38.
18
Tsang HF, Yu ACS, Jin NN, et al. The clinical application ofmetagenomic next-generation sequencing for detectingpathogens in bronchoalveolar lavage fluid: case reports and literaturereview[J]. Expert Rev Mol Diagn, 2022, 22(5): 575-582.
19
Pan T, Tan R, Qu H, et al. Next-generation sequencing of the BALF in the diagnosis of community-acquired pneumonia in immunocompromised patients[J]. J Infect, 2019, 79(1): 61-74.
20
Shah HN, Collins DM. Prevotella, a new genus to include Bac-teroides melaninogenicus and related species formerly classified in the genus Bacteroides[J]. Int J Syst Bacteriol, 1990, 40(2): 205-208.
21
Ülger Toprak N, Akgül ÖKülekçi G, et al. Antimicrobial susceptibility profiles of prevotella species determined by gradient test method in two centers in istanbul[J]. Mikrobiyol Bul, 2020, 54(2): 246-256.
22
Miao Q, Ma YY, Wang QQ, et al. Microbiological diagnostic performance of metagenomic next-generation sequencing when applied to clinical practice[J]. Clin Infect Dis, 2018, 67(suppl_2): S231-S240.
23
Xiaoxi L, Hang C, Qihui L, et al. A case of pulmonary infection with Prevotella melanogenica having the paving stone symptom.[J]. J Radiol Case Reports, 2023, 17(3): 1-7.
24
李 冰,缪 青,金文婷,等. 宏基因二代测序技术对厌氧菌感染精确化诊断的临床价值[J]. 中华医院感染学杂志2019, 29(13): 1927-1930.
25
张晓蒙,苏 秦,杨光路,等. 血清NFP、MMP-2联合mNGS在儿童中枢神经系统感染的临床价值[J]. 国际检验医学杂志2023, 44(22): 2739-2744.
26
Simner Patricia J, Miller Steven, Carroll Karen C. Understanding the promises and hurdles of metagenomic next-generation sequencing as a diagnostic tool for infectious diseases[J]. Clin Infect Dis, 2018, 66(5): 778-788.
27
袁永龙,李慧梅,马德东. 宏基因组二代测序辅助诊断鹦鹉热一例并文献复习[J]. 结核与肺部疾病杂志2024, 5(2): 113-119.
28
王 洋,牛五层,张晓煜,等. 宏基因组二代测序对肺部感染诊断价值的中国数据meta分析[J]. 现代医药卫生2024, 40(6): 984-988+993.
29
Simner PJ, Miller S, Carroll KC. Understanding the promises and hurdles of metagenomic next-generation sequencing as a diagnostic tool for infectious diseases[J]. Clin Infect Dis, 2018, 66(5): 778-788.
30
李 维,卓 超,许建成,等. mNGS在检验与临床中的应用[J]. 国际检验医学杂志2023, 44(1): 1-7.
[1] 王柳清, 李萍, 李小石, 刘阳, 吴鹤龄, 周国平. 以头痛、乏力首诊于神经科的鹦鹉热衣原体肺炎二例及文献复习[J]. 中华实验和临床感染病杂志(电子版), 2024, 18(03): 176-181.
[2] 李倩, 邓莉平, 陈果, 张忠威, 莫平征, 胡文佳, 陈良君, 张捷, 张永喜, 杨蓉蓉, 熊勇. 宏基因组二代测序在获得性免疫缺陷综合征合并中枢神经系统感染中的临床应用[J]. 中华实验和临床感染病杂志(电子版), 2023, 17(01): 24-31.
[3] 孙国先, 蔡萍, 刘微丽, 孟丽君, 侯红玲. 宏基因组二代测序在鲍曼不动杆菌肺炎混合感染者诊疗中的应用[J]. 中华实验和临床感染病杂志(电子版), 2022, 16(02): 115-121.
[4] 罗来邦, 王绪杨, 胡续光, 张友福, 徐志丹. 宏基因组二代测序早期筛查肝移植术后人类微小病毒B19感染临床研究[J]. 中华移植杂志(电子版), 2022, 16(06): 346-352.
[5] 徐旺, 王赛妮, 李华娟, 唐英俊, 刘峰, 林玲, 黄华萍. 肺泡灌洗液宏基因组二代测序辅助诊断肺隐球菌病一例[J]. 中华肺部疾病杂志(电子版), 2023, 16(01): 132-134.
[6] 徐心怡, 曹磊, 刘澄英. 8例鹦鹉热衣原体肺炎临床特征分析[J]. 中华肺部疾病杂志(电子版), 2022, 15(05): 739-741.
[7] 任腾, 刘伟, 焦娇, 李艳燕, 马瑞娜, 房延凤, 金发光. 耶氏肺孢子菌肺炎的临床特征分析[J]. 中华肺部疾病杂志(电子版), 2022, 15(04): 473-476.
[8] 杨翔, 郭兰骐, 谢剑锋, 邱海波. 宏基因组二代测序在脓毒症病原体诊断中的应用进展[J]. 中华重症医学电子杂志, 2023, 09(03): 292-297.
[9] 黄建玲, 王丽. 猪链球菌脑膜炎一例报道[J]. 中华脑科疾病与康复杂志(电子版), 2024, 14(03): 187-189.
[10] 张庭秀, 胡绳, 马李杰, 肖贞良. 普雷沃氏菌感染致肺脓肿特征分析[J]. 中华诊断学电子杂志, 2022, 10(04): 234-237.
[11] 裴小华, 张涛, 金柯, 柏云, 高飞, 朱蓓, 赵卫红. 非人类免疫缺陷病毒患者感染肺孢子菌肺炎的诊断学特征并文献复习[J]. 中华诊断学电子杂志, 2022, 10(04): 224-228.
[12] 韩英杰, 张卫锋, 任占良, 任小朋, 张泳. 1例小细胞肺癌误诊为肺脓肿诊治分析[J]. 中华胸部外科电子杂志, 2019, 06(04): 274-276.
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